Zgodnie z oficjalnym stanowiskiem Ministerstwa Gospodarki i Pracy przygotowanym we współpracy z Rządowym Centrum Legislacji ustalono, że w związku z odmiennością od pozostałych programów współfinansowanych z Funduszy Strukturalnych, a w szczególności ze względu na międzynarodowy charakter programy INTERREG III nie mieszczą się w ramach definicji programów wymienionych w art. 8 ust. 1 ustawy z dnia 20 kwietnia 2004 r. o Narodowym Planie Rozwoju (Dz. U. 04.116.1206).

W związku z powyższym, przy wdrażaniu wszystkich programów INTERREG III, podstawę prawną stanowią:

• Rozporządzenie Rady (WE) nr 1260/1999 z dnia 21 czerwca 1999 r. ustanawiające przepisy ogólne w sprawie Funduszy Strukturalnych;
• Komunikat Komisji dla krajów członkowskich z dnia 2 września 2004 r. ustanawiający wytyczne dla Inicjatywy Wspólnotowej dotyczące współpracy transeuropejskiej odnośnie popierania harmonijnego i trwałego rozwoju terytorium europejskiego – INTERREG III;
• Programy Sąsiedztwa 2004-2006 – wytyczne dotyczące wdrażania Programów INTERREG / TACIS I INTERREG/ CARDS;
• Porozumienia międzynarodowe zawarte między stronami danego programu, tzw. Memoranda of Understanding.